از مهمترین مشکلاتی که در ارزیابی کارکنان و حتی واحدها و فرایندها مشاهده می شود، عدم توانایی مدیران و کارشناسان در تعیین شاخصهای عملکردی مناسب است.

شاخصهای عملکردی مبین میزان کمی تحقق معیارها یا مطلوبیتهای مورد انتظار است. اما نکته مهم آن است که مطلوبیت را از چه منظری باید مورد ملاحظه قرار داد؟ در سازمانهای وظیفه گرا، مطلوبیت انجام امور بر اساس انجام فعالیتهای ابلاغی از سوی مقامات ارشد یا کارشناسان خبره سنجیده می شود و موفقیت عبارت از میزان انطباق انجام امور یا نوع فعالیتها با الزامات مزبور است. در سازمانهای فرایندگرا، مطلوبیت از منظر مشتری یا بهره بردار از خروجی کار انجام شده مورد ملاحظه قرار می گیرد که به نوعی معادل ارزش آفرینی برای مشتریان است.

در تعیین شاخصهای عملکردی به منظور ارزیابی کارکنان از همین منظر می توان به موضوع پرداخت. بنابراین، کافی است ابتدا عوامل و موارد مهم یا عوامل کلیدی موفقیت (CSF'S) بر اساس ماموریت شغلی افراد و انتظارات قابل تحقق توسط آنان مشخص و سپس مطلوبیتهای کمی و کیفی مربوط تعیین شود. به عبارت دیگر، لازم است مشخص شود که هر فرد با توجه به جایگاه خود و نوع فعالیتهای تعریف شده باید چه منافعی را برای چه کسانی ایجاد کند. مثلا از یک متصدی دریافت و پرداخت انتظار می رود که اسناد تولید شده توسط وی مخدوش نباشد یا اختلاف حسابها به حداقل ممکن برسد. بنابراین، می توان تعداد خطاهای مشاهده بر تعداد عملیات ایجاد اسناد دریافت و پرداخت یا تعداد اختلاف حساب بیش از 10 درصد بر کل اسناد حسابداری ایجاد شده یا کل افراد طرف حساب را به عنوان شاخص عملکردی وی در نظر گرفت.

به زبان ساده تر، در تعیین شاخصهای عملکردی برای هر فرد به این موضوع فکر کنیم که کار وی به درد چه کسانی می خورد و آنان واقعا به چه چیزهایی با چه چه ویژگیهایی نیاز دارند، دنبال چه چیزی هستند یا چقدر به چه چیزی اهمیت می دهند. این یعنی اینکه بالاخره با چیزی باید مشخص شود که این فرد «چه گلی به سر سازمان یا مشتریانش زده است؟»